元音和諧：前綴的元音跟著詞根走

賽德克語的元音會被鄰近重音節的元音同化。最常見的是受惠／工具／參考焦點前綴 s(V)- —— 它的元音複製詞根開頭的元音：

所以這個前綴有五種寫法，但它們是同一個詞綴。

另一種和諧發生在倒數第二音節的輔音是 h 時：前面那個（沒寫出來的）元音會跟重音節的元音一樣 —— khei 念 [ke.he.i]、shilo 念 [si.hi.lo]、yhani 念 [ya.ha.ni]。